肝脏的肿瘤标志物最常用的是AFP甲胎蛋白，其在肝癌、肝炎、肝硬化等肝脏的相关诊断中都会用到。AFP又分为很多不同的型别，如AFP-L3，为AFP的异质体，对诊断肝癌特异性相对较好。

除了AFP之外，还有一些其他消化系统的肿瘤标志物，比如CEA、CA199，也可以用来作为肝癌的辅助指标，这些项目的特异性相对较差，因为其他消化系统，比如胃肠部发生异常，这几个指标也会升高。这些是肝癌相关的主要指标，还有一些新的肿瘤标志物，比如α-L-岩藻糖苷酶，这些比较少用的肿瘤标志物，也可以在肝癌及肝脏的一些疾病诊断中作为辅助的肿瘤标志物来应用。