脊髓空洞症疾病发展的快慢有较大不同，所以到后期症状也存在较大的差别。常见的疾病晚期可以有膀胱、直肠功能障碍，出现便秘，或者排尿困难等。脊柱侧凸、后凸的畸形，脊柱裂、弓形足也属于常见情况。如果有延髓空洞的症状，往往可以出现吞咽困难，说话时语言不连贯。但是因为延髓空洞较少单独发生，常为脊髓空洞症的延伸，所以空洞常常不对称，故症状和体征常为单侧情况。

如果累及到软腭和咽喉肌无力，悬雍垂出现偏斜，可导致声带麻痹、构音困难、舌下神经核受累，可引起同侧舌肌萎缩和肌束震颤，伸舌偏向于患侧。若三叉神经下行根受累，则出现同侧面部的感觉呈中枢性痛温觉障碍；侵及内侧弓状纤维则出现半身的触觉、深感觉缺失；前庭小脑通路受损可出现眩晕、眼球震颤、步态不稳；累及面部神经核，可以出现同侧的周围性面瘫。

如果有些空洞面积较大，甚至在手术后出现问题，病人可以出现瘫痪、无法行走。所以脊髓空洞症的晚期症状要根据不同的患者判断，有些病人一直到病情后期，病情发展也不严重；有些人在病情较严重时期，早期受累的较多，病情就可以严重，甚至逐步进展。因此，与治疗和出现的病情变化、病情严重程度均具有相关性。