龟头炎常用的药物有莫匹罗星软膏、复方多粘菌素B软膏、氟轻松乳膏，以及糖皮质激素类软膏。对于渗出性龟头炎，或包皮龟头炎，多用一些抗生素软膏，如应用莫匹罗星软膏，具有抗菌消炎的作用。
对于有霉菌感染的龟头炎，可以使用复方多粘菌素B软膏。对于环形的糜烂性龟头炎，可以用糖皮质激素软膏，如氟轻松软膏或皮炎平(复方醋酸地塞米松乳膏或糠酸莫米松凝胶)。
龟头炎有不同的表现方式，有时是因为包皮龟头出现霉菌感染，选择时就要用抗霉菌药物，如达克宁霜(硝酸咪康唑)也是不错的选择。对于一般细菌的感染溃烂，要选择用抗生素软膏，如红霉素软膏，还有扶他林(双氯芬酸二乙胺乳胶剂)、莫匹罗星软膏。
有时候中药洗剂也是不错的选择，如黄柏叶，有时候用康复新对于促进创面的愈合也很有帮助。用药前要保持创面干净，用温水或生理盐水保持创面干燥，及时换药。
如果有包皮过长，要及时做包皮切除，或等炎症控制以后，做包皮切除，预防复发性的龟头渗出或糜烂。
