肛周脓肿一旦诊断明确，即使不痛不痒也必须进行手术治疗。药物治疗如口服抗生素或输液，均非正确治疗方式且可能无作用。如果合并严重系统性疾病，如严重糖尿病或心脏有瓣膜移植的情况，则需应用抗生素辅助治疗。

一般肛周脓肿不痛不痒的情况较少见，需进一步通过检查，明确是否为肛周脓肿。因为可能是囊性肿物，如脓肿内虽有囊性与积液，但本身为肿瘤，故而可能为良性肿瘤或恶性肿瘤，因此外在表现为肛周脓肿，但又无不适感。此时提示需谨慎对待，不可简单诊断为肛周脓肿，可有恶性的可能。