肛管癌的最佳治疗方案是根据肛管癌的分期来确定一个最佳的治疗方案：
1、一般早期的肛管癌可给予局部的切除，术后给予化疗或放疗即可；
2、若病情进一步发展，肛管癌就要做根治性的切除，即切除整个肛管加上相应的淋巴结清扫，术后再给予放疗或化疗，有时候会加上中药治疗；
3、对于晚期的肛管癌，尤其是周围脏器有转移，一般就不建议手术治疗了，除非患者有梗阻或者大量的便血等情况，一般就给化疗、局部的放疗或者给予中药治疗即可。
对于其它治疗比如靶向治疗、免疫治疗、生物治疗等都可以根据患者的病情分期，以及家庭的经济情况等来进行综合选用，确定一个最佳的治疗方案。
