如果位置、大小允许，可多次使用肝癌消融术。肝癌消融术在超声引导下通过一根探针进入肝脏肿瘤起到杀伤作用，通过微波、热疗或激光进行杀伤，但仅针对局部组织细胞，对整体肝脏创伤相对较小，也对肝脏损伤组织较少。如果肝癌复发或原来多发，可反复进行消融。
会有部分情况导致消融不彻底，如肝癌附近有大血管，由于大血管会带走部分热量，达不到必须的温度，或肿瘤＞5cm。通常肿瘤低于3cm或3个以下，可考虑选用消融手术。