对于慢性疲劳综合征，口服中成药的时候也比较方便，所以一般采用辨证论治的方法。对于气虚证，首先选用补中益气丸。而临床比较常见有肝气郁结型，对于肝气郁结，常选用柴胡疏肝散或者疏肝和胃丸加减运用。
对于肝肾亏虚的合并有腰膝酸软，全身困重的时候，一般选用六味地黄丸、知柏地黄丸。如果合并有眼干、目涩、口干等，往往会选用杞菊地黄丸。而对于肝肾不足，偏于阳虚者的怕冷的患者，可能要选用金匮肾气丸，进行临床上的应用。还有一些患者以失眠为主，总觉得全身疲劳，心脾两虚会选用归脾丸。对于年轻的女性，因为压力和工作原因，往往会合并有月经的不调以及痛经等，肝郁脾虚型的时候，会选用逍遥丸。对于有肝郁脾虚，同时病程比较久，然后又合并有热象，觉得有口苦、口干、全身自觉燥热不适者，可以选用丹栀逍遥丸。