小阴茎通常是由于先天性原因导致，常见如下：

1、先天性发育异常：可能在遗传基因中促使阴茎发育的环节出现问题，如幼儿型患者发育到3-5岁就不再继续发育，此时阴茎较小；

2、出现隐匿型阴茎：通常是由于阴茎发育但未长出来，称为隐匿型阴茎。此时患者可以通过手术进行松解，将阴茎拉出以恢复到正常状态；

3、睾丸问题：患者可能存在睾丸病变，睾丸未继续发育，没有分泌一定量的雄激素，所以导致阴茎发育到一定程度停止，此时需根据患者的发病特点进行治疗。