先天性巨结肠是比较复杂的疾病，部分小孩手术以后可能会留下便秘后遗症。把先天性巨结肠病变肠道的痉挛段、移行段、扩张段进行切除，可能会留有小部分扩张段，部分孩子手术以后可以回缩正常，但是部分孩子肠道缩不回来，会导致肠道部分功能不全，可能出现便秘。但术后便秘和手术前便秘不一样，手术以后复发也会引起便秘。

手术中会进行病理切片，把需要切除位置的部分肠道切下做切片，看有没有正常神经元，手术后可能会出现部分缺血导致神经变性，或者留下的肠道神经元质量不是非常好，导致部分孩子出现便秘情况。