甲状腺囊肿一到晚上嗓子不舒服具体原因如下：

1、甲状腺在气管两侧，气管前面，如果仰着躺，甲状腺可对气管有相应刺激，可能会出现躺下时感觉不舒服；

2、甲状腺肿大后可能始终对气管有一定刺激，白天正常工作、学习、交流时，注意力并没有在颈部，所以忽略了轻微不适。晚上静息休息时，躺在床上可能会凸显颈部不适。

总体来讲，甲状腺对颈部不适影响并不大。如果有上述压迫症状，不应该单纯只是在晚上，而应该时时刻刻都会有刺激。