舌咽神经痛的辅助检查主要是影像学检查，主要检查目的是寻找病因，看患者有无肿瘤性因素压迫或刺激舌咽神经情况。患者可以做颅底影像学X线片或颅底CT重建检查，观察舌咽神经通路上有没有骨性刺激会影响到舌咽神经。

舌咽神经痛还要由有经验的医生根据临床症状进行诊断，舌咽神经痛位置是咽喉深部，特点是骤发骤停，可出现刀割样、针扎样、火烧感等非常剧烈的疼痛，疼痛性质与三叉神经痛非常相像，只是部位不同。