胆管癌患者起病隐匿，大多数患者在发现时都处于中晚期，加之解剖的局限性，手术达到R0切除的机会较少，大多数患者术后需进行化疗。但具体是否需要化疗，取决于肿瘤分期和手术的彻底性。对于根治性手术切缘阴性、淋巴结没有转移的患者，可以选择观察或者化疗。对于切缘阳性，即镜下有肿瘤残留，或者有淋巴结转移的患者，应给予系统化疗或者放化疗。对于术中肉眼有肿瘤残留的患者，治疗原则和不可切除的胆管癌患者一致，化疗或者联合放疗是主要的治疗方式之一。

因为胆管癌的总体发病率较低，目前对于胆管癌术后辅助治疗的高级别临床研究资料不多，有部分研究表明，术后辅助化疗能提高患者的生存率。根据晚期胆管癌治疗的经验，胆管癌本身对于单纯化疗、放疗的敏感度不高，疗效比较差。目前已有新的药物研究用于胆管癌的治疗，包括靶向药物和免疫治疗，初步研究显示较单纯化疗有效率更高。