肛瘘多因肛周脓肿迁延不愈发展而来，而高位复杂性肛瘘指肛瘘内口位于位置较高，超过齿状线或瘘口窦道较多，往往具有多个内口或外口以及多条窦道。诊断高位复杂性肛瘘主要依据如下：
1、急性感染病史，肛周脓肿间断发作与患者体质有关，患者机体功能较好时可不发病。患者体质下降，抵抗力下降时可造成细菌感染，重新产生脓液；
2、肛周肿胀疼痛，因高位复杂型肛瘘已度过急性期，疼痛不明显可出现隐痛；
3、临床症状，肛门周围瘙痒并非原发症，因脓液浸润刺激肛门周围皮肤引起瘙痒；
4、查体，查体时可发现多个外口或内口，触诊时可触及多条皮下窦道结节状肿块，内口位于齿状线以上；
5、临床检查，电子肛门镜深入肛管直肠，采集高度清晰图像，医患双方直接了解病情，避免漏诊误诊，3-5分钟即可确诊，准确率高达99%以上；
6、肛瘘造影检查可显示内口、外口以及窦道走向；
7、CT或磁共振可显示病变涉及范围及窦道周围组织情况；
通过以上方法基本上可确诊高位复杂性肛瘘。
