牙周膜息肉应与牙髓息肉、牙龈息肉相鉴别，临床上进行鉴别时可用探针探查息肉蒂部，以判断息肉来源，当怀疑是牙周膜息肉时，应该探查髓室底完整性，拍摄X光片可辅助检查，通过完整、仔细的临床检查一般能够得到鉴别。

牙周膜息肉一般伴随髓室底的破坏，如果进行仔细的临床探查，经常能探查到出血点。牙龈息肉通常可以探查到有一部分牙龈会连接息肉，有连续性。