原发性胆汁性肝硬化治疗原则，是延缓整个疾病进展，要对因治疗。原发性胆汁性肝硬化机理并不明确，所以应该对症治疗，包括疲劳、黄疸、瘙痒、脂肪泻、骨质疏松等并发症的治疗，都是对原发性胆汁性肝硬化的治疗。在FDA唯一认证和认可的药物，叫熊去氧胆酸胶囊，对原发性胆汁性肝硬化比较有效，可称为特效药物。坚持使用可能改善生化指标，延长疾病进展过程，甚至延缓死亡和终末期进行肝移植的时间。

除此以外，其它比如脂肪泻，会导致脂溶性维生素A、D、E、K减少，可以适当用食物或药物进行补充。骨质疏松要晒太阳，适当补充钙剂和维生素D。黄色瘤可以用降脂药物，比如他汀类药物进行治疗，都是对原发性胆汁性肝硬化的治疗，但是治疗基础为熊去氧胆酸胶囊，中医中药治疗有保肝、降酶、退黄、利胆的作用。