龟头流脓、小便刺痛通常考虑为泌尿系统感染所造成，包括包皮龟头炎或尿道炎，有可能是性传播疾病或者细菌、滴虫等感染所致。性传播疾病包括淋菌、支原体、衣原体等疾病，可以导致临床上出现龟头的溃疡、糜烂、疼痛、水肿以及流出脓性分泌物等临床表现。
在临床上可以针对敏感的药物采用抗生素进行治疗，包括头孢类、喹诺酮类等药物。对于其他细菌所导致的感染，根据药敏的结果也可以选用适宜的抗生素进行治疗。如果症状反复感染、迁延不愈，需要考虑是否存在泌尿生殖系统的病变，如包茎。反复的包茎会导致包皮溃疡、粘连、糜烂，引起反复的包皮龟头炎，必要时需要行包皮环切术。
