灌肠时选择药物根据治疗目而决定，具体如下：
1、通便：可以选择生理盐水、温开水、肥皂水，可以加少许甘油灌肠剂；
2、结直肠手术：应该用生理盐水灌肠，避免引起直肠黏膜充血、水肿，反复灌肠是为了清洁肠道称为清洁灌肠；
3、用于治疗：如溃疡性结肠炎患者，需要用美沙拉嗪灌肠液或者中药治疗，医生开取处方熬出中药，然后选择37-40°C的温度，再灌至直肠，能够灌到乙状结肠效果更好，憋一晚进行药物的吸收治疗。肝硬化患者也经常会灌肠，用30ml的白醋与250ml的生理盐水混合，称为弱酸性溶液灌肠，目的是酸化肠道并减少氨吸收，从而降低肝性脑病风险。
