卵巢囊肿对卵子的生成通常没有影响，但也需根据不同类型的囊肿分析。随着卵巢囊肿的长大，对正常卵巢组织进行侵蚀，可能残余卵巢、正常卵巢越来越少，甚至在卵巢囊肿做完手术后，剩余卵巢仅剩一层卵巢皮，导致卵巢功能有可能下降，若发现不应该拖延，有手术指征的患者及时手术，避免卵巢囊肿长得过大，对正常的卵巢组织破坏严重，影响卵巢功能。
如果是卵巢巧克力囊肿，可能侵蚀正常卵巢组织，影响局部炎症环境，导致卵巢功能下降。尤其是有时可能发生双侧卵巢巧克力囊肿，在做手术时，不可避免会带下来正常卵巢组织，导致卵巢功能会进一步受到破坏，发现以后，患者可以先尝试药物治疗，必要时手术治疗，术后继续用药，防止复发。
