血栓闭塞性脉管炎多在中医院周围血管科以及西医院血管外科治疗。血栓闭塞性脉管炎中医药治疗效果相当不错，上个世纪中医治疗血栓闭塞性脉管炎疗效显著，相当于主力。

西医治疗过去以搭桥为主，因搭桥创伤较大，很多患者较恐惧。按照现在分科，基本以中医医院周围血管科、西医院血管外科治疗为主。但现在很多学科交叉，如也有用干细胞、高压氧舱治疗等。总体上周围血管科以及血管外科是治疗血栓闭塞性脉管炎的主要科室。