结石疼痛主要有以下几点原因：

1、与黏膜摩擦活动以后导致局部损伤或感染引起症状，类似于肾盂肾炎、上尿路感染疼痛，以持续性钝痛或胀痛为主；

2、平滑肌痉挛收缩引起植物神经疼痛，类似于肠痉挛，称为肾绞痛，好发于具有平滑肌的管腔系统，例如输尿管、肾盂输尿管连接部以及输尿管膀胱出口处。此类疼痛较为剧烈，疼痛评分分级仅次于妊娠临盆疼痛；

3、继发性疼痛，继发于结石嵌顿引起梗阻。例如结石上方肾盂肾盏的扩张积水导致整个肾脏体积变大，牵张到肾包膜的表面神经引起慢性持续性胀痛，相对较轻微。