舌咽神经分布区域内主要在咽喉深部、耳道深部，出现舌咽神经痛时鉴别诊断如下

1、因为在舌前部、口腔内外都有三叉神经分布，所以需要鉴别；

2、耳道深部还有其它神经，如中间神经，所以要与中间神经痛鉴别；

3、舌咽神经痛可因咽喉部肿瘤性因素引起，肿瘤刺激舌咽神经，如茎突过长、骨性刺激舌咽神经可导致舌咽神经痛，需要与原发性舌咽神经痛进行鉴别。

患者鉴别不同的病因以后，治疗方法完全不同。