3度尿道下裂手术通常需分2期进行，1期需将下弯阴茎伸直以固定尿道口，且1期需将2期修复尿道的材料在阴茎进行平铺，平铺半年后即可进行2期手术。2期手术相对较简单，通过卷管进行尿道成型，但在术后需注意密切观察患儿是否存在感染、狭窄、瘘等情况。

若上述情况未发生，无需进行3期手术，但若有上述情况发生，则需进行3期手术，即进行狭窄和尿瘘的修复。3度尿道下裂属于重度尿道下裂，指近端尿道下裂，即尿道开口可能位于阴茎根部或阴囊。患儿平时类似女童样蹲着排尿，或该患儿的阴囊呈女童的大小阴唇样裂开，但染色体显示为男童。上述情况临床治疗较困难，因该男患儿尿道缺损的长度更长。