多数情况下，结膜炎反复发作并不会对眼睛造成实质性损害。极个别情况下，还是会对角膜造成一定的损害。因为结膜位于眼白部位表面一层透明黏膜组织，有丰富的血管，而角膜没有血管，它的血供来源是角膜缘的血管网。如果结膜炎反复发作，刺激角膜缘的血管网充血，造成角膜边缘的免疫反应增强，角膜边缘新生血管增生，最终导致角膜浑浊。这才是结膜炎反复的危害所在，但只是极个别病例。

结膜炎反复发作，最主要的损害体现在个人的主观感觉上，会造成眼睛痒、怕光、流泪、干眼。结膜包括眼球正表面的球结膜，在上下眼睑有睑结膜。如果结膜炎反复发生，会造成眼睛不适、有异物感，但实际并没有异物存在。