胚胎发育不良的原因较多，主要原因如下：

1、卵子、精子质量较差：在采用辅助生殖技术过程中，部分患者可出现胚胎发育不良，主要包括发育迟缓、发育停滞以及出现大量胚胎碎片等；

2、胚胎和胎儿染色体异常：胚胎种植入子宫腔内着床后，部分患者因为胚胎发育不良导致生化妊娠或早期流产；

3、其他原因：女性内分泌异常、子宫异常，甚至全身性疾病，如严重感染、高热、强烈应激与不良反应等，都是导致宫腔内胚胎发育不良的原因。男性精子质量较差、精子畸形率高，如长期饮酒、吸烟等不良习惯导致精子畸形率，可引起妻子发生早期胚胎发育不良，出现流产。建议备孕时戒除吸烟饮酒等不良嗜好，降低流产风险。