胸腺瘤术后化疗仍存有争议，少数人会选择化疗，多数人是术后不选用化疗。胸腺瘤有侵袭性，侵袭性胸腺瘤复发概率大，若胸腺瘤在手术过程中有肿瘤残留，即没有切除干净，患者要进行化疗。胸腺瘤化疗与放疗需联合在一起，单用化疗效果差，一般与放疗联合使用，降低肿瘤负荷，加强疾病局部控制。延长肿瘤复发时间，延长患者生存时间。
化疗没有标准方案，基本都采用含有铂类化疗。含铂化疗方案显示出一定疗效，以顺铂为主的联合化疗方案为晚期，或者复发转移性的恶性胸腺瘤多采用此方案。中国胸腺瘤研究有ChART，此小组有多中心回顾性研究，发现术后化疗并没有Masaoka分期，没有对Ⅲ期和Ⅳ期的Masaoka分期患者带来获益。总之，患者病理类型和手术根治性，对于胸腺瘤患者的预后起到决定性作用，术后化疗并不是最常用手段。
