甲状腺位于下颈部喉结，甲状软骨下方，气管前方，所以正常扫描时应将甲状腺全部包括在内。因甲状腺位置可变异，可在颈部甲状软骨下方，可向下到胸腔里，有时可移位到其它部位，从舌根到纵隔，甚至到腹部。此时需有经验的临床医生认真检查颈部能否摸到甲状腺，需影像科医生检查甲状腺部位有无甲状腺。

故医生在其它部位看到类似甲状腺组织的器官，需考虑异位甲状腺。如果患者没有甲状腺，预示病人需长期服用甲状腺素片，以防止萎靡不振。