由于不同的人群，对于不同药物的反应性存在着差异，也不排除极少数患者在服用乳酸杆菌后，出现便秘加重的情况。
乳酸菌在临床上是常用的肠道益生菌，通过直接补充可以改善肠道菌群，恢复正常肠道菌群构成，对肠道功能起到调节作用。因此在临床上广泛地应用于腹泻、便秘或腹胀、消化不良这些消化道症状的对症治疗。
在服用了含有乳酸菌制剂的肠道益生菌药物后，患者大便会出现改善，如原来腹泻的患者，在调整肠道菌群后腹泻缓解，大便性状趋于正常。便秘患者服用后，可以起到刺激肠蠕动的作用。因此患者的排便也有明显好转，排便困难或便块干硬的症状得到缓解。
