肛瘘是常见的肛周疾病，存在瘘管，即在肛门外面存在开口，可以确认或者判断是否为肛瘘。除了肛门旁有开口外，直肠内或者肛门上还会有内口，通过瘘管到外口，形成通道。外口常会有分泌物或者是肠内容物流出的表现，常为黄色、污染的肠液，可以初步判定是肛瘘。

确诊肛瘘还可以通过造影检查，即将造影剂打进外口，然后在X光下进行扫描，影像学表现为造影剂通过外口进入瘘管，再进入上方肠腔，可以确认该通道为肛瘘。