雷贝拉唑作为抑酸药物，治疗不同的疾病，用药时间也会略有差异。若雷贝拉唑是用于治疗胃食管反流病、反流性食管炎，通常初始治疗疗程建议为8周左右，在维持治疗阶段因人而异，部分患者症状控制较好，可能初始治疗后不用服药。部分患者合并食管裂孔疝，较难完全停药，可能需要小剂量长期维持治疗。
雷贝拉唑还可以治疗消化性溃疡，如胃溃疡、十二指肠溃疡，也属于短期疗程，6-8周溃疡可达到完全愈合，此时雷贝拉唑可以停药。雷贝拉唑类的抑酸药还可以联合抗生素以及铋剂进行治疗，即四联疗法。上述四种药物联合，可以进行幽门螺杆菌的根除治疗，疗程通常是10-14天。无论疾病是否治愈，疗程结束后应立即停止服药，停药1个月后需再次进行呼气试验，帮助判断幽门螺杆菌是否根除。
