肌张力障碍自愈的可能性非常小，患有肌张力障碍大多数患者需要马上治疗。首先要查找肌张力障碍的病因，对于诊断为继发性肌张力障碍的患者，即有明确病因，便要对因治疗，如多巴反应性肌张力障碍，因为基因突变，导致体内左旋多巴合成障碍，口服美多芭有戏剧性变化。而外伤、感染、肿瘤等，这种基底节区损伤，虽然有明确病因但是没有特效方法，可以考虑对症治疗，以物理治疗为主，如按摩、针灸、理疗等康复，也可以使用肌松类药物来进行治疗。

对于儿童和青少年患者，常以阶段性或全身性肌张力障碍为主。口服药物为主要治疗方法，可以先试用左旋多巴或抗胆碱能药物或巴氯芬等。对于药物治疗无效的患者，在严格评估的情况下，可以选择脑起搏器治疗。对于成年起病的患者，其病灶多是局灶性，肉毒杆菌毒素局部注射是首选方法，抗胆碱能药物可以作为辅助治疗，对于肉毒素治疗和药物治疗无效的患者，可以考虑周围神经离断或脑起搏器治疗。