患者进行输尿管超声波碎石，主要副作用如下：

1、输尿管局部损伤：患者使用超声波碎石时，通常位于输尿管镜下，将超声杆放至结石表面进行碎石，此时可能会损伤到输尿管壁，引起输尿管壁穿孔、炎症性、狭窄性改变，甚至可能加重上尿路积水；

2、细菌传播：同时患者进行碎石过程中，可能使得细菌局部广泛传播，引起泌尿系严重感染，甚至出现感染性休克；

3、损害肾脏功能：患者进行输尿管超声波碎石，由于泌尿系统压力过高，可导致肾脏功能受到相应程度损害。