乙肝有潜伏期，通常为1-6个月，平均是3个月。传染病均为病原体入侵到靶器官，进而造成的疾病，这段时间即为潜伏期。

人体感染乙肝病毒后，无论是通过血缘还是医源性暴露，该病毒均能随着血流到肝脏。乙肝病毒对肝细胞有特殊的侵蚀力，即肝脏是乙肝病毒主要聚集部位，所以乙肝病毒是嗜肝病毒。乙肝病毒到达肝脏后进入肝细胞开始繁殖，繁殖出来的下一代又侵犯新的肝细胞。人体免疫系统对乙肝病毒侵犯的肝细胞进行免疫攻击时，肝细胞膜可被破坏，转氨酶即可释放，也可引起临床常见的黄疸。