鳃裂囊肿属于先天性畸形，第一鳃裂囊肿、第二鳃裂囊肿、第三鳃裂囊肿以及第四鳃裂囊肿的发病部位有所区别，患者需要到耳鼻喉科就诊，有时在小儿外科也可以对患者进行手术。所以需根据患者鳃裂囊肿发病的部位、病变范围及病变类型，决定就诊的科室。

第四鳃裂囊肿位置较低，位于胸骨下、食管旁，此时需要与胸外科合作完成手术。第一鳃裂囊肿可能会发展到耳朵，位置较高，较常见发生于颈部、颌下以及下颈中下部。此外，部分患者的第一鳃裂囊肿会发展到外耳道内，表现为耳朵长期流脓，常被误认为中耳炎。所以此类患者需要及时到医院耳鼻喉科就诊，医生会根据病史以及具体情况做出明确诊断。