肝内胆管结石根据病情严重程度不同，治疗方案存在较大差别：
1、相对较轻的肝内胆管结石患者，结石未阻塞胆管，不存在肝功能异常和胆管扩张等问题，此时无需特殊处理，只要定期复查肝脏影像和肝功能即可，生活上应注意规律进食、均衡膳食；
2、若结石阻塞胆管，出现明显的肝功能异常或肝萎缩等问题，此时均建议尽早进行手术处理。
根据结石的位置以及造成的影响不同，可以选择经肝门部胆管切开取石，或切除部分肝组织进行治疗。通常病灶较局限，不存在明显胆道狭窄，又没有肝萎缩的患者，可以考虑进行取石治疗，但取石治疗存在残余结石比例高、术后复发率高的问题。对于明显胆道狭窄和肝萎缩，甚至可疑肝内胆管癌的患者，均应选择部分肝切除进行治疗，极少数严重肝内胆管结石的患者，可能出现严重肝硬化、肝功能失代偿，需要考虑通过肝移植进行治疗。
