克罗恩病的确诊非常复杂，需要通过临床表现、组织病理学检查、手术的病理检查以及长时间的随访等，才能得以确诊。其临床表现为腹痛、肠梗阻、腹部包块、瘘管、肛瘘、体重减轻、营养不良，以及肠外表现如皮损、关节炎等。在我国，肠结核发病率很高，和克罗恩病的临床表现、组织学表现、临床过程、手术等大体有非常相似之处，两者的鉴别诊断一直困扰着医生。

所以克罗恩病的确诊往往需要很长时间，一旦确诊，属于终身性疾病。其治疗和肠结核有相违、相对立之处，应谨慎对待，部分患者手术后数年仍无法确诊。