真菌性鼻窦炎属于较为复杂的疾病，通常分为非侵袭性鼻窦炎和侵袭性鼻窦炎。非侵袭性鼻窦炎又包括真菌球和变异性鼻窦炎，相对较好治疗。

真菌球感染一般通过手术治疗，大部分能够得到比较好的改善。对真菌过敏引起的变异性鼻窦炎，可以通过药物治疗与手术治疗，效果也比较好。如果属于侵袭性鼻窦炎，此种情况通常较为危险，严重时甚至会引起生命危险。当局部组织被真菌侵袭后，可能引起组织的坏死，甚至影响全身。如果患者患有鼻窦炎，并且怀疑属于真菌性鼻窦炎，通常建议及时进行治疗，并通过手术清理病灶。