从内分泌学角度来说，新生儿甲减属于内分泌疾病，诊治最为专业的科室为内分泌科。

虽然新生儿可以挂新生儿科、筛查科，但随着新生儿年龄增长，到学龄前儿童出现甲减不可再挂新生儿科，一般大龄的儿童也不挂筛查科进行诊治，需要到内分泌科就诊。新生儿甲减需要挂新生儿科，也可以挂筛查科，但是内分泌科治疗甲减相对专业。