婴儿肛瘘的发病率较高，常见于男孩，部分患儿随生长发育可自行愈合，所以一般不主张及时做根治手术。应对症处理，每日清洁肛门并坐浴，适当使用抗生素及外用药膏，消炎消肿，控制和减少脓肿的发生，加速自愈。一旦肛瘘已形成，可随患儿年龄有所增长，承受手术能力稍强时，行瘘道切开术或挂线治疗，以防肛瘘复杂化。