性功能障碍按病因可以分为功能性的和器质性。功能性性功能障碍占绝大多数，表现为大脑皮质功能紊乱，通常由不正常的性生活习惯和异常的精神状态引起，通过心理疏导及综合治疗，较容易治愈。

器质性原因导致性功能障碍较多为脊髓损伤导致的阴茎勃起和射精中枢功能紊乱，或慢性炎症疾病如尿道炎、前列腺炎等造成，较难治愈。