炎症性肠炎的病因较复杂，没有明确的病因，主要通过综合诊断来确诊，所以治疗上也主要采取综合治疗措施。目前能明确的病因包括：

1、它是一种自身免疫相关的疾病，与自身的免疫紊乱有关；

2、与细菌感染有关；

3、遗传因素，该病有一定的遗传性及家族聚集性。