中医认为功能性消化不良跟情绪有关，是脾虚肝郁的表现，治疗以疏肝健脾、理气、助运为主。西医认为可以用助消化的药、胃肠动力药促进消化，还可以使用消化酶来促进消化道腺体的分泌。如果病人有明显的情绪问题或已经到了焦虑抑郁的水平，可以吃抗焦虑和抑郁的精神类药物。