慢性前列腺炎的诊断一般是在排除其它问题后可诊断为慢性前列腺炎，但慢性前列腺炎的鉴别诊断主要根据病人症状进行相关鉴别。如患者表现尿频、尿急症状，要和膀胱炎、尿道炎、输尿管末端结石进行鉴别。慢性前列腺炎常见表现为下腹胀痛不适感，这时要与慢性盆腔疼痛鉴别，以及与精索静脉曲张、精索炎症等进行鉴别。

在诊断慢性前列腺炎时，其亚型之间也要进行鉴别，是细菌性前列腺炎还是非细菌性前列腺炎，还是慢性疼痛综合征，细菌性前列腺炎要诊断是常见细菌还是其它细菌，如淋球菌、大肠杆菌还是结核引起的炎症感染。所以前列腺炎的诊断和鉴别很广泛，主要根据症状进行鉴别。