卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位、体积、大小、生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。

一般多采用手术治疗，排除卵巢非赘生性囊肿，如囊肿大于5cm，需手术治疗，包括开腹手术、腔镜手术，常用术式为卵巢囊肿切除术、卵巢囊肿剥除术。年纪较大者多采取附件切除术，年轻患者或者有生育要求的患者，多采取卵巢囊肿剥除术。