牙齿咬合紊乱的原因主要有：

1、牙齿的原因：因外伤或肿瘤等因素造成牙齿过早缺失而未及时修复；

2、与牙齿相关的软组织原因：即牙周支持组织的原因；

3、颞下颌关节的原因：即牙齿的挂钩问题，如颞下颌关节或关节盘韧带受损。 

此外，某些不良习惯如紧咬牙、夜磨牙等，也能引起神经和咬合肌肉不协调从而造成咬合紊乱。