孕酮偏低的原因，具体如下：

1、胚胎因素导致的孕酮偏低，胚胎发育异常，胚胎发育异常中，50%-60%为胚胎染色体异常，其余为胚胎的其它结构方面异常；

2、孕妇黄体功能不全，孕前应明确的检查和诊断；

3、早孕期间切除卵巢黄体，或者辅助生殖技术后妊娠，即试管婴儿；

4、同一天内的不同时间孕酮值会有差异，个体化的差异较明显。