胃肠道间质瘤的具体发病机制尚不明确，传统医学多认为与化学因素、电子射线等相关，近期研究发现胃肠道间质瘤主要与c-kit基因和PDGFRα基因的突变有关，基因突变后活化络氨酸激酶，导致胃肠道病变以及间叶组织病变的发生，从而诱发产生间质瘤。胃肠道间质瘤最具体、最直接、最明确的病因尚未获得有效的论证，有待于进一步的研究。