噬血细胞综合征的药物治疗以免疫抑制剂、化疗药物、激素药物为主，如激素药物推荐疾病早期静脉、口服长期不间断使用，晚期以口服为主。

总体来说，噬血细胞综合征危及生命，早期主张在医院静脉药物治疗，危重情况到ICU抢救、插管治疗。疾病控制后，可以改成口服药物治疗，包括激素、VP-16维持治疗。早期指南标准推荐40周诊疗方案，目前认为噬血细胞综合征治疗4—8周，疾病稳定后尽快转入原发病治疗。