功能性消化不良常引发身体不适，而且可能对生活质量造成影响。因长期食欲不振，导致营养不良，可能引起贫血等器质性疾病。另外，患者可产生“恐癌”心理，伴有焦虑、恐惧、精神紧张等精神症状，进而影响到脾胃功能，甚至导致器质性消化不良。所以功能性消化不良时，除积极治疗外，还应从身体和心理双方面共同调整，疾病可得到有效控制，预后良好。