引起微生态失衡的原因主要有以下几点：

1、不良的生活习惯：如抽烟、喝酒、熬夜、剧烈的情绪波动等，会干扰正常的肠道功能，引起肠道菌群的改变；

2、由于生活环境和进食食物的改变而导致肠道菌群的变化：环境的变化可以干扰肠道菌群，也有人利用微生态治疗水土不服。辣椒、酒等刺激性的食物，对肠道菌群有明显的干扰；

3、某些药品的使用：如抗生素的使用，对肠道菌群的干扰非常明显。