小儿慢性腹泻的治疗时间因病因不同而不同：

1、细菌性或感染性腹泻：一般抗细菌治疗需要1-2周；

2、溃疡性结肠炎、克罗恩病或肠道息肉导致的慢性腹泻：疗程较长；

3、非感染性腹泻：如乳糖不耐受或过敏性腹泻，只需调整饮食，1-2周后会有所改善。

慢性腹泻引起发烧常见的原因是细菌、病毒或真菌感染，需做相关检查加以诊断，如大便常规、粪便培养、血常规、CRP或降钙素等。